אחד ההבדלים בין האילוף המסורתי והאילוף במרקר טריינינג הוא הדרך שבה אנו מתייחסים לתקשורת בין האדם לכלב. בעוד שבאילוף המסורתי הכלב מקבל פקודה (command) מבעליו, בדרך המרקר טריינינג הכלב מקבל אות (cue). למרות שההבדל יכול להיראות סמנטי בלבד, הוא מכיל בתוכו משמעות רבה.
משמעות המילה פקודה מוכרת היטב: פקודה היא הוראה שחובה לבצע (למעט פקודה בלתי חוקית בעליל, אך זה נושא לדיון אחר העוסק במוסר ובאתיקה צבאית). במידה וההוראה איננה מבוצעת, הדבר יגרור ענישה וכפייה של הביצוע. גם באילוף כלבים הפקודה אומרת לכלב שהוא חייב לבצע את ההוראה ובמידה ולא יבצעה, יקרה משהו לא נעים (ואף מתמשך) עד לביצוע ההוראה במלואה. לדוגמה, במידה והכלב שומע את הפקודה “שב” הוא חייב לציית ולהניח את עכוזו על הרצפה ובמידה ולא יעשה כך (ויישאר לעמוד, למשל), המאלף ינקוט בדרכי ענישה שונות ויכפה, למעשה, את הישיבה על הכלב. הכלב, מצידו, ינסה “לברוח” מהעונש על ידי ביצוע ההוראה ובפעמים הבאות, במידה והאילוף עקבי ומדויק, יוכל גם להימנע ממנו על-ידי ביצוע ההוראה מיידית.
לאות (cue), לעומת זאת, משמעות אחרת ואולי אף מפתיעה.
האות אומר לכלב שנפתח מעין חלון הזדמנויות לקבלת תגמול כלשהו במידה וההוראה תבוצע. בניגוד לפקודה, הכלב לא מוענש במידה והוא אינו מבצע את ההוראה ואין אנו כופים עליו לבצעה. לכלב זכות מלאה לבחור כל התנהגות מסך ההתנהגויות אותן הוא מכיר, אולם רק אחת – זו שרלוונטית לאות שניתן – תזכה אותו בתגמול. תהליך הלימוד בו הכלב לומד שכדאי לו לבצע את ההתנהגות הרלוונטית לאות מבוסס על חיזוקים חיוביים ( חיזוק חיובי הוא תוספת של גירוי כלשהו אשר גוררת אחריה עליה בתדירות ביצוע ההתנהגות). החיזוק החיובי הטבעי ביותר לכלב הוא כמובן אוכל, אולם כל דבר אחר (שהכלב מוצא אותו כמועיל לו) עשוי לשמש כחיזוק חיובי (כדור טניס, חבל, ענף עץ, וכדומה).
גם השימוש בפקודה וגם השימוש באות יכולים להביא להצלחה באילוף. ההבדל בין השיטות נמצא בתופעות הלוואי ההתנהגותיות והרגשיות של הכלב לכל שיטה. בעבודה עם אותות וללא כפייה, הכלב לומד בתנאי רגיעה ומוצא את עצמו בדרך כלל שמח לשתף פעולה עם המאלף. מחד, הכלב לומד שהצעת התנהגויות שונות עשויה לזכות אותו בתגמול כזה או אחר ומאידך, הכלב לומד שכאשר הוא לא מצליח לבצע את ההוראה הרצויה, שום דבר רע לא קורה. לעומת זאת, בעבודה עם פקודות וכפייה עלולות להופיע תופעות לוואי לא נעימות. בעוד שהכלב יכול ללמוד להימנע מהעונש על ידי ביצוע ההתנהגות מיד לאחר הפקודה, תהליך זה עלול להיות מלווה ביצירת פחדים ואף עלול להוביל להתנהגות תוקפנית כלפי האדם שמתרגל עם הכלב או אדם/חיה אחרת הנמצאים בסביבתו. בנוסף, מכיוון שהכלב לומד כיצד להימנע מעונש, הוא יזהר מאוד מלהציע התנהגויות חדשות מכיוון שאלו עלולות להיות מסוכנות במידה ואינן תואמות את הפקודה שניתנה. יש לציין שלמרות שביצוע התנהגויות והבנת התוצאות שלהן מגיע מעולם ההתניות האופרנטיות, אל לנו לשכוח את ההתניה הקלאסית (הפבלובית) שנמצאת תמיד ברקע. התניה זו עלולה לגרום למצב בו הכלב מקשר את הענישה עם בעליו ולומד לפחד ממנו ובהמשך אף להתנהג בתוקפנות כלפיו.
אם כך, הבחירה לעבוד עם אותות ולהימנע משימוש בפקודות איננה סמנטית כלל וכלל. היא חובקת בתוכה משמעויות רבות הנוגעות לאורח החיים ולאיכות החיים של הכלב ושל בעליו. בדרך המרקר טריינינג, אנו בוחרים לעבוד עם אותות מכיוון שזו דרך יעילה (במקרים רבים יותר – ובוודאי שלא פחות – מדרך השימוש בפקודות) שאיננה מובילה לתופעות לוואי ולרגשות לא נעימים בכלב.
